Город расположен в юго-западной части области и с западной части граничит с Афганистаном, у впадения в Пяндж реки Гунт, в 525 км от Душанбе, на высоте 2200 м над уровнем моря.
Хорог — важный региональный центр торговли, транспорта и образования. В городе располагаются такие образовательные учреждения как: Хорогский государственный университет им. Моёншо Назаршоева (ХоГУ), филиал Международного Университета Центральной Азии (УЦА) и Лицей Фонда Ага-Хана. В мае 2015 года стартует строительство кампуса УЦА. Через Хорог проходит Памирский тракт, соединяющий город с Душанбе и Ошем. Имеется грунтовая дорога, проходящая через Ваханскую долину и село Аличур. Также имеется дорога, соединяющая город с Китаем через перевал Кулма-Карокурум и обеспечивающая основной импорт в город. Фондом Ага-Хана построены 5 мостов на реке Пяндж (Ишкашим, Шугнан, Вандж, Дарваз и Пяндж), один из которых находится в 5 км от города — в селе Тем. Вблизи моста построен базар, который работает по субботам и воскресеньям. В городе имеется небольшой аэропорт. В советское время в городе самолеты совершали посадки с утра до вечера, ныне максимум 2 раза по неизвестным причинам.
